1. CO2濃度供應不同：二氧化碳培養箱可以添加CO2并保持特定的濃度以模擬人體內部環境，而恒溫培養箱則不能添加CO2，只能保持穩定的溫度。

2. 應用不同：二氧化碳培養箱主要用于細胞培養、細菌培養等需要特定CO2濃度的實驗，而恒溫培養箱適合于各種細胞培養、蛋白質結晶、酶反應等實驗。

3. 設備結構不同：二氧化碳培養箱中有專門的CO2供應系統，恒溫培養箱中則沒有。

二、二者的應用

1. 二氧化碳培養箱：在細胞培養、細菌培養等特殊實驗中應用廣泛。CO2的添加可以調節pH值，防止細胞增殖受到影響，以及增強抗菌能力。

2. 恒溫培養箱：恒溫培養箱廣泛應用于各種生物學的實驗中，如酶反應、DNA合成實驗、蛋白質結晶以及基因工程研究等。

三、使用注意事項

1. 二氧化碳培養箱需要經常檢查CO2指示器與溫度計的準確性，以保證培養環境的穩定性。

2. 恒溫培養箱需要經常清洗和消毒，以免細菌和真菌污染實驗樣品。

3. 二者都需要注意使用安全，避免因為操作不當而產生危險。